都内の百貨店の宝飾品売場に勤める早良ゆりは子供の頃から奇妙な夢に苦しめられていた。平安時代の装束をしていつも同じ人と一緒にいるのだ。時には幸福に満たされて馬に乗っている。時には一糸まとわぬ姿で睦あっている。だが、恐ろしいのは自分の胸に矢が刺さって死んでいく場面だった。

現実でのゆりは同じ宝飾品売場の高橋一と婚約している。つき合って五年になる一をゆりは大好きだったがどうしても男して愛する事が出来ないでいる。

人事部の新堂朗はエリートで人望も篤いが、どういうわけかいつもゆりを見ているので社内で噂になっている。ゆりはむしろ朗の事を怖れている。人には見えないものを見る力のあるゆりには朗の氣が鋭すぎて恐ろしい。

巨大なルビーに憑いた『禍々しいもの』をゆりが閉じ込めた時に、新堂朗が同じく「見える者」であり、しかも「祓える者」であることがわかる。二人が触れるとちょうど夢の中の「夢のひと」に触れたとの同じように白い光と電流のような感覚が走った。そして、朗は自分が千年前に媛巫女を死なせた陰陽師、安達春昌の生まれ変わりであり、ゆりは媛巫女瑠璃だった時の記憶を夢に見るのだと告げる。

ようやく「夢のひと」同様に朗を愛していた事に氣づいたゆりは、一との婚約を破棄して、京都で神主になると言う朗についていく事を決意する。

京都で結婚生活をはじめる前に、朗はゆりとの結婚について神事で是非を問う事を希望する。一度は「否」と出た「神問い」の結果を、何ものかが覆していった。

笠宮神社の禰宜として、朗の祓いに協力していたゆりは、強力な「禍々しいもの」に襲われてこの世に戻れなくなってしまう。婚約者と一緒に二人を訪ねてきた高橋一がゆりに呼びかけ、ゆりは朗のもとに戻ってくる。そして、放たれた「禍々しいもの」をつかんで水晶に飛び込んだのは、「神問い」の時の不思議な存在だった。そして、それは奥出雲の瑠璃媛ゆかりの樋水龍王神社のご神体である龍王である事がわかった。

ゆりと朗は、樋水村の出身であった高橋一と婚約者に連れられて、龍王を戻しに樋水龍王神社へと向かう。そして神社の宮司に特別な役職である「背神代」と「妹神代」のオファーを受ける。

朗は春昌であった頃からの龍王に対する拒否感をぬぐい去る事が出来ず、ゆりをめぐる嫉妬に苦しむ。

「背神代」と「妹神代」となった朗とゆりは奥出雲の樋水龍王神社で奉職する事となった。ほぼ時を同じくして、高橋一と摩利子も結婚して樋水村に引っ越し、お食事処「たかはし」を開店する。

媛巫女神の千年祭が盛大に行われ龍王が顕現した。その特別な満月の宵に樋水村だけで秘かに行われている神事「龍の媾合」では、閉め切った神社の境内で朗とゆりに怪異が起る。その中で二人は最大の快楽と最大の苦痛が全く同じである、カミとの合一体験をする。

そして、その怪異によって、ゆりは身籠った。

ゆりが身籠っていたのは人間ではなかった。彼女は二年半も出産をせず、肉体も醜く変わり果ててしまった。絶望と猜疑心で二人の仲はおかしくなる。

高橋一と摩利子は二人のために心を尽くすが、人外のものの関わる恐ろしき状況に出来る事がほとんどない。

千年祭から891日後の花祭りの晩に、ついにゆりは破水して龍王の池に引きずり込まれる。人間の儚い肉体の限界を超えた愛の本質に氣がつき出していた朗は、ゆりを連れて樋水を去る事を望みつつ共に龍王の池の底に向かう。

生まれ来る謎の存在とともに、瀧壺に引きずり込まれた二人は、生も死もなく、過去と未来もなく、愛や憎しみ、幸福と苦しみもすべてを超越した神域に辿りつき、新しい龍神「蛟川」が誕生した。瑠璃媛と春昌、もしくは朗とゆりだった二人の「幸福の中で感じる風」という意識だけが龍王の池に残る事となった。